Após avaliação pelo Instituto Qualisa de Gestão (IQG), o Hospital da Mulher foi certificado com a Acreditação Plena (Nível 2) da Organização Nacional de Acreditação (ONA). A parte de saúde da instituição é administrada pela OSS Seconci-SP.
Em sua avaliação, o IQG assinalou como pontos fortes do hospital: responsabilidade social demonstrada com a grande preocupação de atender às necessidades da população, referência no atendimento de câncer feminino e reprodução assistida, e o Projeto Bem-me-Quer, de atendimento à violência sexual contra mulheres e crianças até 13 anos.
